A linha de pesquisa do Centro se desdobra em duas frentes: estudo da memória institucional e análise crítica do acervo sob sua guarda. A partir dos documentos, registros museológicos, materiais arquivísticos e publicações, são desenvolvidas investigações que buscam compreender a trajetória do Museu, seus processos curatoriais, educativos e científicos, bem como os contextos sociais e culturais em que se insere.

A pesquisa não se limita à recuperação histórica, mas também problematiza a constituição do próprio acervo, seus critérios de formação, organização e lacunas, reconhecendo-o como construção social e campo de disputas simbólicas. Dessa forma, o Centro contribui para a consolidação de uma memória institucional reflexiva e em permanente diálogo com o presente.